Né en 1987 à Algésiras, Pepe Fernández a grandi au rythme des ragoûts de sa grand-mère et d’un goût qu’il associe encore à l’enfance : « de la viande grillée au feu de bois glissée dans un morceau de pain ». Il commence en plonge à Tarifa, apprend le service à l’hôtel Alborán, et trouve son premier mentor, Tili, au Bar Ivory. À 23 ans, il part à Londres et découvre la face rude du métier. Il revient en Espagne avec un objectif clair : la haute gastronomie à Madrid.
Après une formation à l’école Aranda, il travaille à El Club Allard — restaurant doublement étoilé au Michelin — sous la direction de José Carlos Fuentes, qui lui ouvre les portes de la cuisine japonaise. Chez Étimo, il applique les techniques françaises avec Begoña Fraire et apprend la précision et le respect du produit auprès de Jairo Calvo.
C’est alors que Chiho Murata l’invite à diriger Pilar Akaneya. Pepe se forme à Barcelone, développe le concept madrilène, et crée avec Murata le Menu Sansekai : une expérience sumibiyaki inspirée du Japon. « Je n’avais jamais ressenti un tel épanouissement au travail. »